A refrigeração é uma etapa importante no armazenamento de abacates, pois ajuda a prolongar sua vida útil e manter sua qualidade.
O pré-resfriamento do abacate é feito colocando a fruta na câmara de resfriamento imediatamente após a embalagem. Isso também pode dar uma diferença na pressão do ar aplicada em lados opostos de pilhas ou caixas de paletes. Essa diferença de pressão força o ar a penetrar nos orifícios existentes nas caixas e a carregar consigo o calor do produto. Nesse caso as frutas recebem diretamente o fluxo de ar frio, cuja velocidade pode ser regulada em função do volume do ar.

O sistema de ar forçado geralmente resfria o produto e 1/4 a 1/10 do tempo necessário para o avanço no pré-resfriamento em uma câmara tradicional, sendo de 2 a 3 vezes mais lento que o sistema de pré-resfriamento a água ou vácuo. A instalação deve ser planejada e operada para reduzir significativamente ou eliminar o fluxo de ar sobre o produto de uma vez por todas assim que obtém o resfriamento perfeito.
Como todas as frutas tropicais, o abacate é sensível a temperaturas muito baixas. Portanto o armazenamento deve ser realizado acima das temperaturas críticas para funcionar fisiologicamente.

Não há como salvar a fruta durante um período de tempo relativamente longo, apenas o tempo necessário para o controle de ofertas do mercado consumidor; ou exportação.  As temperaturas abaixo de 5 °C demonstraram ser frias demais para os abacates em geral. Em testes nos quais os frutos foram colocados a temperatura próxima de I °C por período curto, não houve aparentemente nenhum dano provocado pelo frio. No entanto, quando esses frutos voltaram à temperatura ambiente, ou seja, em tomo de 25°C, constataram-se logo alterações na coloração de sua casca, que adquiriu uma cor acinzentada que depois passou a marrom, enquanto a polpa escureceu e sua textura mudou, tomando-se borrachenta. Após alguns dias esses frutos se deterioraram por completo. O mesmo ocorreu nas experiências às temperaturas de 2°C, 4º C, 5 °C e até 6º C. A sensibilidade do abacate às temperaturas inferiores a 5 °C será tanto maior quanto mais lenta for a queda da sua própria temperatura e mais longa a sua permanência nessas condições. Também é preciso levar em consideração o estágio de amadurecimento dos frutos quando se pretende armazená-los a baixos níveis de temperatura. De um modo geral os frutos imaturos são mais susceptíveis ao frio, estando mais sujeitos aos danos fisiológicos do que os mais maduros.
Os abacates da raça guatemalense são mais resistentes a temperaturas próximas de 5 °C do que os das demais raças, sendo a antilhana a mais sensível de todas. No seu caso são recomendadas temperaturas acima de 9°C.
O abacate Fuerte mantido a 6 °C começou a apresentar sintomas típicos de danos pelo frio após três a quatro semanas de armazenagem com a mudança da coloração tanto da casca como da polpa. Quando esses frutos foram colocados à temperatura ambiente, os sintomas tomaram-se mais evidentes. A casca adquiriu uma coloração marrom, com depressões, o mesocarpo tornou-se acinzentado e não ocorreu o seu amolecimento.

Já a temperatura de 9 °C os frutos não mostraram sintomas de danos pelo frio, mesmo quando armazenados pelo período de quatro semanas. Entretanto, quando receberam I OOmg/.e de etileno, após o armazenamento, foram constatados sérios danos, prova de que o tratamento com esse produto aumenta a sensibilidade dos abacates ao frio, mesmo nos casos em que os frutos haviam sido preservados por apenasduas semanas.
No caso do abacate Hass, a sua sensibilidade ao frio depende do seu estádio de amadurecimento ou do seu climatérico. Frutos com 36 a 48 horas de pré-climatério, quando armazenados a 2°C, conservam-se muito bem durante seis a sete semanas. Todavia, se esses frutos já estiverem em início de amadurecimento, isto é, no pico climatérico, a sua sensibilidade ao frio já se evidencia e a sua conservação não excederá 19 dias. A afirmação de que os abacates que apresentam maior teor de óleo são mais resistentes ao frio não se tem confirmado nas pesquisas com as cultivares produzidas no país.

A umidade relativa do ar na câmara é de grande importância. Deve permanecer em torno de 90%, pois mesmo quando o abacate é exposto à baixa temperatura de preservação, seu metabolismo continua a funcionar, embora em ritmo mais lento, com a eliminação de água através da·transpiração, o que se pode observar próximo ao ponto de inserção do pedúnculo. Quanto à compatibilidade da umidade relativa do fruto com a da câmara, pode ocorrer também uma diferença entre a pressão de vapor interna do fruto e a externa. Havendo um déficit de
pressão de vapor, este vai causar a transpiração do fruto. Em conseqüência, sua casca se enruga e há perda de textura da polpa, o que lhe dá mau aspecto.
A umidade excessiva, isto é, de 95 a 100%, torna as condições ambientais da câmara favoráveis ao desenvolvimento de fungos, por exemplo, Botryodiplodia, Penicillium, Phomopsis e
Colletotrichum, entre outros. Mesmo à temperatura de 5 °C ou 7 °C esses fungos têm a capacidade de se desenvolver, embora em velocidade reduzida, causando a podridão total dos frutos.